本人刚毕业，做会计助理好还是负责一个小公司总账会计好呢...

我认为你还是先在主管手下做助理，先实践学习二至三年，掌握公司的情况和做账经验。现在就去子公司，风险很大。会计工作经验是最主要的，如果能力强在总公司更有用武之地。